PCR实验室应设置以下区域：试剂储存和准备区、标本制备区、扩增区、扩增产物分析区。这个4个区域在物理空间上必须完全独立，各区域无论是空间上还是在使用中，应当始终处于完全的分割状态，不能有空气的直接相通。根据使用仪器的功能，区域可以适当合并。每个区域间设置传递窗，要求一侧打开时另一侧无法打开。4个区域应设置独立的缓冲间，应设置可以通到四个操作区域的PCR走廊，在进入各区域前，应设置更衣间，每个区域的衣服可用不同颜色进行区分，在清洁区应设置洗澡间、卫生间、值班室。还应考虑到医废和标本的运送通道。

PCR实验室并没有严格的净化要求，但是为了避免各个实验区域间交叉感染的可能性，通风方式应为机械通风，不应自然通风，且不宜使用循环风。同时要严格控制送、排风比例以保证各试验区的压力要求。PCR实验室的空气流向应按照试剂储存和准备区→标本制备区→扩增区→扩增产物分析区进行，防止扩增的产物顺空气气流进入扩增前的区域。可选择负压排风装置，核心区域相对于相邻区域最小压不小于-10Pa。也可通过安装排气扇或者其他方式实现。PCR实验室要求温度18~26℃，相对湿度30%~70%。

1.进入各工作区域应当按照单一方向进行，即试剂储存和准备区→标本制备区→扩增区→扩增产物分析区。

2.各区域的设备、清洁用具标记明确，不得混用。

3.各区域的衣服用不同颜色标记，离开各区域时不得将工作服带出。

4.试验台用移动式紫外线灯消毒，高度60-90cm。扩增区延长照射时间，最好是过夜照射。同时各区域还需安装悬挂式紫外线灯管。

5.各试验区尽量避免不必要的走动和进出，减少交叉感染风险。

6.扩增产物分析区可能会用到某些可致基因突变和有毒物质，应特别注意实验人员的安全防护。

7.试剂储存和准备区：本区域对压力没有明确要求，储存试剂和用于标本制作的消耗品等材料应当直接运送至该区，不得经过其他区域；试剂盒中的阳性对照品及质控品不应当保存在该区，应保存在标本处理区。

8.标本制备区：相对于临近区域应为正压，以避免临近区域进入本区的气溶胶污染。

9.扩增区：相对于临近区应为负压，为避免气溶胶所致的污染，应当尽量减少在本区域内的走动。必须注意的是，所有经过检测的反应管不得在此区域打开。

10.扩增产物分析区：相对于临近区域应为负压。本区域是最主要的扩增产物来源，因此必须注意避免通过本区域扥物品带出。废液必须收集至1mol/L的HCl中，并且不能在实验室内倾倒，而应在远离实验室的地方倒掉。用过的吸头也必须放至1mol/L的HCl中浸泡后再放到垃圾袋中按程序处理，如焚烧等。本区域需要配置高压灭菌锅用以灭活扩增后的标本。